Das Innviertel zum dem die Gemeinde Wernstein am Inn gehört, ist uraltes Siedlungsgebiet, in dem Illyrer, Kelten, Römer und Germanen heimisch geworden sind. Geistige Wendigkeit, tiefe Religiösität und starke Kunstbegabung ließen eine außerordentlich vielschichtige und eigenwillige Kultur entstehen, die von den Werken der hohen Kunst bis zu den kraftvollen Leistungen des bäuerlichen Handwerks und den symbolgeladenen Äußerungen des Brauchtums reicht. Um 1050 errichten die Altgrafen von Vornbach die Neuburg und zwischen 1120 und 1
150 die Burg Wernstein. Von 1158 bis 1248 ist die Grafschaft Neuburg im Besitz der Andechser Grafen. 1283 kommt die Neuburg nach öfteren Besitzerwechsel an Österreich, das Umland bleibt bayerisch 1803 kommt infolge der Auflösung des Fürstbistum Passau die Grafschaft Neuburg an Bayern, die Herrschaft Wernstein bleibt bei Österreich.
1860 Baubeginn der Bahnlinie Passau-Wels
1893 die Drahtseilfähre geht in Betrieb (bis 1961)
1906 Alfred und Hedwig Kubin erwerben den Landsitz Zwickledt
1921 Wernstein erhält das elektrische Licht (Kraftwerk Kneiding)
1924 - 1928 Ausbau des Weges nach Schärding zur Gemeindestraße
1949 - 1953 Motorbootverkehr zwischen Passau und Schärding
1962 - 1964 Umgestaltung des Ortes durch den Bau der Staustufe Passau - Ingling
15 Wohnhäuser mit den dazugehörigen Wirtschaftsgebäuden werden abgerissen und mit dem Schutt wird der Burggraben aufgefüllt. Am 5. Juli 1965 wird der Stauraum geflutet. Der Wasserspiegel des Inns wird im Bereich Wernstein um etwa 7 Meter angehoben. Alt Wernstein vergeht - Neu Wernstein entsteht, und mit ihm hat sich auch der Landschaftscharakter des Ortes wesentlich geändert. War es zuvor der wild daherziehende Inn mit seiner Schönheit und teilweise überschwemmenden Kraft, der den Reiz hervorbrachte, so ist es jetzt der gezähmte Inn, der sich seenartig in die hügelige Landschaft schmiegt.
